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在苏我氏失势十几年后，与日本隔海相望的朝鲜半岛也发生了巨变。当时的唐朝和新罗联合起来先后灭掉了“三韩”中的百济和高句丽。日本一直以来和百济交好，在百济武将的请求下，日本和百济的残余势力组成联合军试图收复百济。结果，三年后的决战中，日本水军被唐朝的水军彻底击溃，只能狼狈地逃回日本。百济和高句丽相继灭国后，大批的难民逃往日本。这是日本古代最大规模的外来移民。
在日本派军援助百济的几年间，当初剑刺苏我入鹿的中大兄皇子也已经顺利继位，成为第38代天皇天智天皇。天智天皇在任期间干的一件大事就是建立了完整的户籍制度。掌握全国户籍的好处就是可以进行大规模的人员调度，打仗也更加方便了。说来也巧，在这之后不久就发生了日本古代最大规模的一场战争。
战争的双方分别是天智天皇的儿子大友皇子和天皇的弟弟大海人皇子，也就是一场叔侄之间的战争。按照日本教科书中的说法，天智天皇原计划将皇位传给大海人皇子，后来由于偏爱大友皇子，所以中途改意了。察觉到此的大海人皇子以身体不好为由宣告出家，但据当时目送大海人皇子出家的朝廷大臣所说，那时大海人皇子离去的背影有如“将添翼猛虎放生了一般”，在场众人都能感受到他对皇位的野心。果不其然，671年天智天皇驾崩，大友皇子继位，大海人皇子旋即宣战。双方势力激战了将近一个月，死伤数万，最后大海人皇子一方攻陷皇宫，大友皇子自杀身亡。围绕皇位的叛乱在日本历史上并不少见，但最终由叛乱的一方获胜还是头一遭。
大海人皇子继位之后政治野心依然很大，他没有在朝廷里设置瓜分自己权力的大臣一职，加强了天皇专制。他在位期间，记纪的编纂正式开始了。之后日本还完成了第一部独立的法令，并且完全抛弃了“倭”，开始正式使用“日本”作为国号。就这样，日本从中国的册封地的地位中走出来，成为一个真正意义上的独立国家。