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平时接触百姓最多的就是他们，欺压百姓也是厉害的很，再加上吏都是本地的坐地户，有些地方甚至能架空主官。
于是朱由校成立巡防营，就相当于后世的警察，由朱由校派人到各地建立分局，然后从城防军和捕快中挑选合适的人选，如果人不够就从卫所军户中挑选。
巡防营成立后，各地的城防军和捕快也可以取消了，至于巡防营则是交给兵部和刑部共同管辖。
等各地巡防营组建好以后，将配合锦衣卫和各地新任主官对那些吏员进行详细调查，不合格的全部依法处理，然后从军户中抽调识字的人充任。
为了防止那些吏员因为没有上升通道伤害百姓，朱由校进行了官吏合流，不过他们最多升到县令，而且升到县令以后必须异地为官。
同时取消以前有些吏员世袭的制度，以后各地选拔吏员的时候都要考试，只要识字都可参加。
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