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日本教授在京都找到了两份工作，一是在同志社大学教英文，一是在京都大学做著名汉学家吉川幸次郎教授的研究助理。1951年8月他用最后的一点奖学金买了张去日本的船票。
当时吉川幸次郎得到美方的资助，正在研究中国文学中的对仗问题。华兹生的工作是将他的一些初步成果，特别是有关杜甫诗歌的研究翻译成英文。虽然在中文系注册为研究生，但由于日语水平太低（在去日本之前只学过一年），华兹生一开始根本没法听课。后来日语能力提高了，才上了吉川教授的几门课，但都是关于中国诗歌的，和《史记》基本无关。
大约一年后，华兹生接到哥伦比亚大学狄百瑞（Wm.Theodore de Bary）教授的来信，询问是否可以为其主编的《中国传统资料集》（Sources of Chinese Tradition， 1960年出版）撰写关于汉代的部分，华兹生经过考虑后答应了。汉代文献当时已经翻译成英文的有《论衡》、《盐铁论》以及部分的《淮南子》，但是大多数著作，包括《史记》，都得读原文，工作量不小，有吸引力的是工作费用优厚。华兹生辞去了在同志社大学的英语教课任务，全力投入文献的阅读和写作。《史记》再次进入他的视野。
完成《中国传统资料集》汉代部分（出版时作为该书的7—10章）后，华兹生决心修改自己的硕士论文（关于游侠及其在汉代社会的地位）。在京都一年多时间里，他接触到不少《史记》研究的日文资料。他将修改后的稿子投给了《哈佛亚洲学报》（Harvard Journal of Asiatic Studies），结果被拒，但这不仅没有打击他，反而点燃了他继续认真研究《史记》的热情。他开始通读《史记》并做大量的笔记，使用的版本是泷川资言《史记会注考证》，该书广泛采纳了中、日关于《史记》的研究成果，历来为学界所推重。华兹生随后将笔记进行了分类，以类相从，并据此写成小型论文，这一工作集中在1954年冬和1955年春。1955年夏返回纽约时，他的博士论文已经初步形成了。
此后的一年他一边帮忙编辑修订《中国传统资料集》，一边完成哥大对博士学位的各项要求。读博士正常的顺序是先修学分，后参加口试，再写论文。华兹生则是反其道而行，他修完学分参加口试时，博士论文的初稿早已在导师的手中了。1956年6月他带上了方帽子，此后根据王际真、富路特、狄百瑞的意见，他对论文进行了修改，并于两年后由哥
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